ÓRGANOS DE DECISIÓN
Denominada también Congreso Regional. Es la suprema autoridad de la organización. Está conformada por los representantes de las comunidades nativas asociadas o afiliadas. Sus decisiones son obligatorias para todos los asociados o afiliados, aún para aquellos que hubiesen votado en contra, se hubiesen abstenido de votar o estuviesen ausentes.
La Asamblea General es de dos clases: ordinaria y extraordinaria
Se realiza cada tres años con la finalidad de analizar los problemas, plantear propuestas y elegir a la nueva junta directiva de FENAMAD. Son miembros con voz y voto, los presidentes de las comunidades debidamente acreditados
Consejo directivo
Es el órgano de dirección, responsable de la marcha administrativa e institucional de la Federación en todos sus niveles y proyectos.
Ejerce la representación de la Organización por lo que tiene amplias facultades de representación legal y de gestión, dentro del marco de la finalidad y objetivos de la Federación.
La duración del periodo del Consejo Directivo es de tres (03) años. Esta compuesto por un presidente, un vicepresidente, un secretario, un tesorero, un fiscal y un vocal, pudiendo asumir cualquiera de estos cargos tanto hombres como mujeres.
COHAR-YIMA
El Consejo Harakmbut Yine Matsiguenka, es una organización intermedia de FENAMAD. Fue creado en el año 1993 como Consejo Harakmbut (COHAR), habiendo extendido su campo de acción a los pueblos Matsiguenka y Yine, posteriormente. Fue incorporada como base de FENAMAD en el año 1996.
Tiene como objetivo la búsqueda del bienestar de los pueblos que integra. Con ese fin, canaliza las propuestas y demandas de las comunidades que representa hacia FENAMAD.
Su presidente actual es el señor Rómulo Corisepa, integrante del pueblo Harakmbut, el mismo que es Presidente del Ejecutor de Contrato de Administración de la Reserva Comunal Amarakaeri (ECA-RCA).
